HughYau/AcademicForge · 上手攻略

  • 仓库：HughYau/AcademicForge
  • 链接：https://github.com/HughYau/AcademicForge
  • 分类：academic-writing · skill-collection · research
  • 作者：Tom
  • 更新：2026-08-11

它是什么

AcademicForge（学术锻造台）是一个面向 Claude Code / OpenCode / Codex 等 AI 编程助手的学术技能（Skills）选配与安装平台。灵感来自 Minecraft 的 Forge 模组加载器——把散落各处的学术 AI 技能整合成一个可按需安装的工具箱。平台由静态网站 https://hughyau.github.io/AcademicForge/ 提供图形化界面，用户勾选需要的 skill pack，一键生成安装命令，在自己项目根目录执行即可。

内置 32 个 Claude Science 技能（覆盖蛋白质结构预测、基因组、单细胞、图表可视化、文献综述、算力工作流等），全部基于 MIT 许可证，无需订阅 Claude Science 即可独立安装使用。

解决什么问题： - 学术 AI 技能散落在各处（GitHub 各仓库、个人博客），没有统一发现和安装机制 - 想用多个学术相关 Skill，需要手动复制/配置，工作量大 - 不同 AI 编程助手（Claude Code / OpenCode / Codex）的 skill 目录结构不同，安装方式各异

快速安装

macOS / Linux

cd your-project

# 安装单套或多个 skill（逗号分隔）
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.sh | bash -s -- \
  --tool claude \
  --skills humanizer,superpowers

# 安装 Claude Science 全套 32 个技能
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.sh | bash -s -- \
  --tool claude \
  --skills claude-science

Windows PowerShell

cd your-project

$script = Join-Path $PWD 'forge-install.ps1'
Invoke-WebRequest -Uri 'https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.ps1' -OutFile $script
& $script -Tool claude -Skills 'humanizer,superpowers'
Remove-Item $script

追加 --force（PowerShell 为 -Force）可强制覆盖已安装的同名 skill；不加则自动跳过。

验证安装

ls .claude/skills/     # Claude Code
ls .opencode/skills/   # OpenCode
ls .codex/skills/      # Codex

核心技能一览

🧬 结构预测与对接（6 个）

Skill 用途
alphafold2 AlphaFold2 / AF2-Multimer 折叠（ColabFold 运行器）
openfold3 AlphaFold3 开源权重 PyTorch 复现（AlQuraishi Lab）
boltz Boltz-2 蛋白/核酸/小分子复合物预测，可选结合亲和力
chai1 Chai-1 基础模型预测抗体-抗原、蛋白-配体复合物
esmfold2 Biohub ESMFold2 全原子共折叠
diffdock DiffDock-L 小分子结合构象预测（分子对接）

✏️ 蛋白质设计与嵌入（4 个）

Skill 用途
proteinmpnn 蛋白骨架逆折叠生成氨基酸序列
ligandmpnn 带配体/核酸/金属上下文的逆折叠
solublempnn 面向可溶性重训的 ProteinMPNN 变体
fair-esm2 Meta ESM-2 生成蛋白质嵌入表征

🧫 基因组与单细胞（4 个）

Skill 用途
borzoi DNA 序列预测全基因组功能轨迹（RNA-seq/CAGE/DNase/ChIP）
evo2 长上下文基因组基础模型：打分/嵌入/DNA 生成
scgpt 单细胞基础模型 scGPT：嵌入与细胞注释
scvi-tools 概率式单细胞 RNA-seq（scVI / scANVI + 贝叶斯差异表达）

📊 图表与可视化（4 个）

Skill 用途
figure-composer 组合出版级多面板图
figure-style 出版级图表正确性与可读性规范
algorithmic-art 用 p5.js 创作算法/生成艺术
web-artifacts-builder 构建 claude.ai HTML 交互产物（React/Tailwind/shadcn）

✍️ 文献与写作（4 个）

Skill 用途
literature-review 检索、核验并综合科学文献
paper-narrative 审视并重塑论文图表讲述的"故事线"
indication-dossier 生成治疗适应症档案
pdf-explore 跨整篇 PDF / 论文定位、比较与抽取内容

⚙️ 算力与工作流（6 个）

Skill 用途
compute-env-setup 在远程算力上搭建运行环境
remote-compute-modal 在 Modal 账户上运行 GPU 任务
remote-compute-ssh SSH / SLURM 主机提交→等待→回收工作流
managed-model-endpoints 注册本地/远程模型服务端点
using-model-endpoint 通过原生 HTTP API 调用已注册端点
self-awareness 对 Claude Science 会话数据库 / SDK 做自省

🎓 Skill 创建与学习（4 个）

Skill 用途
skill-creator 创建、改进并评测 skill
customize 自定义 agent 画像并创作新 skill
learn 面向"理解原理"的学习/讲解型 skill
product-self-knowledge 涉及 Anthropic 产品事实时先自查核对

典型适用场景

场景 推荐技能
做蛋白质结构预测课题 alphafold2 + esmfold2
做单细胞数据分析 scgpt + scvi-tools
写学术论文图表 figure-composer + figure-style
综述文献、研究背景 literature-review + pdf-explore
在远程服务器跑 GPU 任务 compute-env-setup + remote-compute-ssh
构建 AI 学术写作 skill skill-creator + customize
生物信息学/基因组研究 borzoi + evo2

坑与注意

⚠️ 分支名称：site-first 是默认分支

安装脚本和配置文件全部来自 site-first 分支，不要用默认的 main 分支（那是一个空壳）。如果安装脚本报错，先确认用的是 site-first 分支的 URL。

覆盖安装需加 --force

不加 --force 时，已安装的同名 skill 会被跳过并提示。如需强制更新，务必加这个参数。

第三方 skill 许可证各异

仓库本身是 MIT 许可证，但各 skill（如 Claude Science 系列）保留各自原作者的许可证，安装前请查阅 skills/<skill-name>/LICENSE（若存在）。

跨 agent 兼容性不等同功能等价

虽然 skill 目录结构兼容多个 AI 编程助手（Claude Code / OpenCode / Codex），但某些 skill 依赖特定 agent 的 API（如 self-awareness 依赖 Claude Science 内部接口），在其他 agent 上可能功能受限或不可用。

学术数字需自行核验

literature-review、indication-dossier 等技能会引用文献数据，务必自行 fetch 原文核验，不要直接相信 skill 输出的数据。

与同类对比

方案 优点 缺点
AcademicForge 一站式选装、图形界面、MIT 许可、跨 agent 需要一定的 AI 工具使用经验
Claude Science 官方订阅 官方维护、功能完整 需付费订阅，skill 不可独立使用
手动从 GitHub 复制 skill 完全可控 需手动管理版本更新，容易混乱
通用 AI coding skill 市场 覆盖面广 学术类 skill 分散，缺乏整合

AcademicForge 的核心优势：按需选装 + 一键安装，不需要整仓复制全部 skill，也不用自己管理复杂的目录结构。对于需要多个学术技能的研究者，这是目前最低门槛的方案。

一句话推荐结论

需要给 Claude Code 等 AI 编程助手装学术技能（文献综述、蛋白质分析、单细胞数据、图表可视化等）？上 https://hughyau.github.io/AcademicForge/ 勾选需要的 skill pack，一行命令安装到位——比手动复制每个仓库省心太多。

最小可跑命令

⚠️ 以下命令基于 site-first 分支脚本，PowerShell 和 Bash 均可用。

# 1. 查看可用 skill（在网页界面勾选生成命令）
# 访问 https://hughyau.github.io/AcademicForge/

# 2. 安装 humanizer + superpowers（示例）
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.sh | bash -s -- \
  --tool claude \
  --skills humanizer,superpowers

# 3. 安装全套 Claude Science 技能
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.sh | bash -s -- \
  --tool claude \
  --skills claude-science

# 4. 强制覆盖已安装的同名 skill
curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/refs/heads/site-first/scripts/forge-install.sh | bash -s -- \
  --tool claude \
  --skills humanizer \
  --force

# 5. 验证安装
ls .claude/skills/

来源与引用

  • 仓库：https://github.com/HughYau/AcademicForge
  • 官网：https://hughyau.github.io/AcademicForge/
  • 快速入门：https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/site-first/QUICKSTART.md
  • 安装脚本：https://raw.githubusercontent.com/HughYau/AcademicForge/site-first/scripts/forge-install.sh
  • ⚠️ 本攻略未 clone 仓库、未运行代码；内容基于 README 和 QUICKSTART.md 静态文本整理，skill 内部实现请参考各子 skill 目录下的具体 SKILL.md。