学术写作

01 aipoch/open-science 开源 AI 研究工作台，搭载 scientific agents，专注于可复现的研究与发现。Open-Source AI research workbench with scientific agents for reproducible research and discovery. 证据综述 系统综述 实验与代码复现 Agent 智能体 TypeScript +245/周 3,127 ★ 02 pedrohcgs/claude-code-my-workflow 一套开箱即用的 Claude Code 学术模板，基于 LaTeX/Beamer + R，支持多 Agent 评审、质量门禁、对抗式 QA 与复现协议。A ready-to-fork Claude Code template for academics using LaTeX/Beamer + R. Multi-agent review, quality gates, adversarial QA, and replication protocols. 研究执行 实验与代码复现 大纲与论文起草排版与论文模板 LaTeX模板写作 Agent 智能体 HTML 1,527 ★ 03 sthamann/tfpt 拓扑不动点理论：由两个公理推导标准模型、α⁻¹ 与宇宙学的机器可验证离散编译器。包含论文、验证套件（Python/Wolfram/Lean）、实验及网站。Topological Fixed-Point Theory: a machine-checked discrete compiler for the Standard Model, α⁻¹, and cosmology from two axioms. Papers, verification suite (Python/Wolfram/Lean), experiments & website. 研究执行 实验与代码复现 LaTeX 工程化 Python 526 ★ 04 leipzig/awesome-reproducible-research 精选的可复现研究案例、项目、教程与媒体资源列表。A curated list of reproducible research case studies, projects, tutorials, and media 研究执行 实验与代码复现 工程化 Python 402 ★ 05 kbroman/steps2rr 走向可复现研究的初步步骤（极简教程）Initial steps toward reproducible research (a minimal tutorial) 研究执行 实验与代码复现 工程化 Ruby 38 ★ 06 LightconeResearch/lightcone-cli ASTRA 的 Agent 层 —— 面向可复现研究的专用 skills、工作流执行与 HPC/容器管理。Agentic layer for ASTRA — dedicated skills, workflow execution, and HPC/container management for reproducible research 研究执行 实验与代码复现 Agent 智能体 Python +1/周 20 ★ 07 docxology/template 可复现研究仓库的 GitHub 模板 —— 两层 Python 3.10+/uv monorepo，将通用基础设施与项目级代码分离，配有 pytest 覆盖率门禁（基础设施 60%、项目 90%）、16 阶段构建流水线、通过 pandoc/LaTeX 实现的 Markdown 转 PDF 渲染，以及 25 个标准示例。GitHub template for reproducible research repos — two-layer Python 3.10+/uv monorepo splitting generic infrastructure from per-project code, with pytest coverage gates (60% infra, 90% projects), a 16-stage build pipeline, markdown-to-PDF rendering via pandoc/LaTeX, and 25 canonical exemplars. 投稿发表 排版与论文模板 实验与代码复现 PDFLaTeX模板 Agent 智能体 Python +7/周 19 ★ 08 zabor-crypto/zaBor 面向行情录制、交易安全与可复现研究的工程工具包。多交易所 kill-switch、带钱包标签的 Hyperliquid 微结构录制器、资金费率 carry 研究栈。Engineering toolkit for market-data recording, execution safety and reproducible research. Multi-exchange kill-switch, wallet-tagged Hyperliquid microstructure recorder, funding-carry research stack. 研究执行 实验与代码复现 安全与风险 Python 15 ★ 09 u9401066/med-paper-assistant 可审计的 MCP + 跨 Agent 框架，支持自主与人工引导的学术写作——从经验证的证据到已审校的 DOCX/PDF。Auditable MCP + cross-agent harness for autonomous and human-guided academic writing—from verified evidence to reviewed DOCX/PDF. 论文写作 大纲与论文起草 文献与引用管理系统综述 PDF引用MCP Agent 智能体 Python 11 ★ 10 riffomonas/drought_index 在研究全球干旱状况的同时实践可复现研究方法的项目A project to practice reproducible research practices while studying the state of drought around the world 研究执行 实验与代码复现 工程化 HTML 11 ★ 11 eliaswestonfarber/scienceai 一个用于科学文献分析的开源 agentic harness。可协调前沿模型提取数据、复现发现并执行系统综述，具备完整的溯源追踪能力。An open-source agentic harness for scientific literature analysis. Coordinates frontier models to extract data, replicate findings, and perform systematic reviews with full provenance tracking. 证据综述 Meta 分析与证据综合 系统综述文献筛选与信息抽取 引用 Agent 智能体 Python 9 ★ 12 686f6c61/Hermes-Research-PRISMA 一个可复现的 Hermes Agent 研究运行时，用于系统性文献综述、全文证据抽取、方法路由以及可审计的发表产出。A reproducible Hermes Agent research runtime for systematic literature reviews, full-text evidence extraction, methodological routing, and auditable publication artifacts. 证据综述 系统综述 文献筛选与信息抽取实验与代码复现 引用LaTeX Agent 智能体 Python 5 ★ 13 EESH20/science-flake 🔬 用 Science Flake 探索数据科学工作流——一个强大工具，可轻松管理和分享可复现的研究环境。🔬 Explore data science workflows with Science Flake, a powerful tool for managing and sharing reproducible research environments effortlessly. 投稿发表 排版与论文模板 实验与代码复现 模板 工程化 Nix 4 ★ 14 skymanbp/sci-paper Claude Code 插件，用于科学论文写作、来源可追溯的审稿与去 AI 化润色。在统一类型化标准下汇聚 8 项 skill + 24 个工具：不可豁免的完整性阻断项、零目标 L0 词库、分级告警以及显式测量状态，避免缺失校准被误读为通过。针对 ApJ/MNRAS/PRD/JCAP 级期刊稿件进行了语料校准。Claude Code plugin for scientific paper writing, source-traced review, and de-AI rewriting. 8 skills + 24 tools under one typed standard: non-waivable integrity blockers, zero-target L0 lexicon, ranked advisories, and explicit measurement states so missing calibration never reads as clean. Corpus-calibrated for ApJ/MNRAS/PRD/JCAP-class manuscripts. 论文写作 大纲与论文起草 实验与代码复现研究诚信与 AI 写作治理 LaTeX写作 Agent 智能体 Python 3 ★ 15 martinezc1/Reproducible-Research-Using-R 通过真实工作流学习实践可复现研究的 R 开放教材An open educational textbook for learning reproducible research in R through practical, real-world workflows. 研究执行 实验与代码复现 工程化 TeX 3 ★ 16 ices-tools-prod/TAF 用于可复现研究的透明评估框架Transparent Assessment Framework for Reproducible Research 研究执行 实验与代码复现 工程化 R 3 ★ 17 Bardakor/The-De-margining-Artifact 可复现研究代码：检验足球预测优势是否依赖于博彩公司去水方法。Reproducible research code testing whether football forecasting edges depend on bookmaker de-margining methods. 研究执行 实验与代码复现 评测基准 Python 3 ★ 18 Yangs-AI/Fresh 让研究资源更易于查找、复用与共享，记录可复现研究的资产。（镜像）Making research resources easy to find, reuse, and share, documenting assets for reproducible research. (Mirror) 研究执行 实验与代码复现 数据与向量库 MDX 2 ★ 19 polymtl-reproducible-research/myst_book 研究执行 实验与代码复现 工程化 Python 2 ★ 20 LONGshenyizu/tox21-research Tox21 多终点毒性预测：可复现的研究与推理制品（冻结模型、FastAPI 服务、已审计的安全机制）Tox21 multi-endpoint toxicity prediction: a reproducible research and inference artifact (frozen model, FastAPI service, audited security) 研究执行 实验与代码复现 LLM 基础设施 Python 2 ★ 21 kbhalajiyadav/lab-research-code-template 面向可复现研究代码、分析工作流、文档以及可发布实验室软件项目的模板仓库Template repository for reproducible research code, analysis workflows, documentation, and release-ready lab software projects. 研究执行 实验与代码复现 模板 工程化 2 ★ 22 akaieuan/akaOSS akaOSS studio——五个面向人在回路 AI 测量与开发者工具的开源项目，Assist-Not-Complete 论文，可复现研究信息流，以及 HITL Kit 的 shadcn registry。站点 akaoss.dev。The akaOSS studio — five open-source projects for human-in-the-loop AI measurement and developer tooling, the Assist-Not-Complete paper, a reproducible research feed, and the HITL Kit shadcn registry. Live at akaoss.dev. 研究执行 实验与代码复现 写作 评测基准 TypeScript 2 ★ 23 souvikDevloper/kvbridge 面向生产环境的、有内存约束的跨模型 KV-cache 传输，具备受保护的回退机制与可复现研究工具链。Production-oriented, memory-bounded cross-model KV-cache transfer with guarded fallback and reproducible research tooling. 研究执行 实验与代码复现 LLM 基础设施 Python 1 ★ 24 Roblis0n/Bertopic-tuning 语义优先的 Codex skill，用于可审计的 BERTopic 调参、主题解释、模型比较与可复现研究交付。Semantic-first Codex skill for auditable BERTopic tuning, topic interpretation, model comparison, and reproducible research delivery. 研究执行 实验与代码复现 Skill RAG 检索增强 Python 1 ★ 25 river-ya/Academic-Paper-Note-Template-for-Zotero-Better-Notes Zotero Better Notes 双语学术风格文献笔记模板A bilingual, academically styled literature-note template for **Zotero Better Notes**, designed for structured reading, annotation aggregation, critical analysis, and reproducible research workflows. 阅读管理 文献与引用管理 批注与知识笔记研究设计与方法 Zotero模板写作 工程化 1 ★ 26 imReese/Karkinos 本地优先的量化投资平台，支持可复现研究、证据约束决策、风险控制、论文/影子验证以及人工监督执行Local-first quantitative investing platform for reproducible research, evidence-bound decisions, risk controls, paper/shadow validation, and human-supervised execution. 研究执行 实验与代码复现 写作 Agent 智能体 Python 1 ★ 27 HmZ9874/umd-planetary-memory UMD 行星长期记忆算法、公式、基准、SDK 与可复现研究。UMD planetary long-term memory algorithms, formulas, benchmarks, SDKs, and reproducible research 研究执行 实验与代码复现 评测基准 Python 1 ★ 28 herbertkokholm/attest 针对 LLM 集成证据筛选（系统综述标题/摘要筛选）的筛选-自验证内核。Screening-and-self-validation kernel for LLM-ensemble evidence screening (systematic review title/abstract screening). 证据综述 系统综述 文献筛选与信息抽取Meta 分析与证据综合 引用 评测基准 Python 1 ★ 29 HellYeahwuli/Edge-ECG-Digital-Service-Loop-IoT- 面向互联医疗 IoT 中可审计的两级本地—边缘 ECG PVC 风险服务回路的可复现研究代码Reproducible research code for an auditable two-tier local-edge ECG PVC risk service loop in connected healthcare IoT. 研究执行 实验与代码复现 工程化 Python 1 ★ 30 GengisK4hn/sars-cov-2-vaccine-codon-analysis "生物信息学分析揭示 COVID-19 mRNA 疫苗与自然 SARS-CoV-2 变异株之间的人工密码子偏好变化"。SARS-CoV-2、COVID-19、vaccine、codon-optimization、bioinformatics、sequence-analysis、mRNA-vaccine、origin-analysis、reproducible-research。"Bioinformatics analysis revealing artificial codon preference changes in COVID-19 mRNA vaccines vs natural SARS-CoV-2 variants" SARS-CoV-2, COVID-19, vaccine, codon-optimization, bioinformatics, sequence-analysis, mRNA-vaccine, origin-analysis, reproducible-research 研究执行 实验与代码复现 工程化 Python 1 ★ 31 Fatma3598/EEG-Imagined-Speech-Preprocessing-Generalization 《Comparative Analysis of EEG Signal Preprocessing Impact on Generalization of a Transformer-Based EEG Imagined Speech Recognition》研究的可复现研究仓库。Reproducible research repository for 'Comparative Analysis of EEG Signal Preprocessing Impact on Generalization of a Transformer-Based EEG Imagined Speech Recognition' research work 研究执行 实验与代码复现 多模态 Jupyter Notebook 1 ★ 32 drarunmitra/research-skills 面向 Claude、ChatGPT 和 Gemini 的科研工作流 skill：分析、学术写作、同行评审、引用、可复现性、教学。Research-workflow skills for Claude, ChatGPT, and Gemini: analysis, academic writing, peer review, citations, reproducibility, teaching. 论文写作 大纲与论文起草 实验与代码复现同行评审与 Rebuttal 写作 Agent 智能体 SCSS 1 ★ 33 docxology/template_autoscientists AutoScientists：确定性的多 agent 科学发现协调框架 —— docxology/template 可复现研究范式的公开范例（测试覆盖率 ≥90%，无 mock，GitHub 与 Zenodo 10.5281/zenodo.20533669 双重发布）。AutoScientists: a deterministic multi-agent scientific-discovery coordination harness — public exemplar of the docxology/template reproducible-research paradigm (≥90% test coverage, no mocks, double-published GitHub + Zenodo 10.5281/zenodo.20533669). 研究执行 实验与代码复现 模板 Agent 智能体 HTML 1 ★ 34 Byt-wyze-technology/Byt-wyze-technology 确定性 SAT API、CNF 预处理工具与可复现研究标准。Deterministic SAT APIs, CNF preprocessing tools, and reproducible research standards. 研究执行 实验与代码复现 工程化 Python 1 ★ 35 birdflyi/OSDB_RefQ 开源 DBMS 生态的 Reference Quotient 分析与可复现研究流水线。项目列表每月通过 https://github.com/birdflyi/od_label_issue_gen/tree/main/data/database_repo_label_dataframe 中的 csv 文件更新Reference Quotient analysis and reproducible research pipeline for the open-source DBMS ecosystem. The projects list are updated in the csv files in https://github.com/birdflyi/od_label_issue_gen/tree/main/data/database_repo_label_dataframe monthly. 研究执行 实验与代码复现 数据与向量库 Python 1 ★ 36 aidadbeni/Computational-Pathology 围绕病理 foundation models（尤其是 Prov-GigaPath）的文献综述与可复现性研究Literature review and reproducibility work on pathology foundation models, with a focus on Prov-GigaPath. 证据综述 系统综述 实验与代码复现 多模态 Jupyter Notebook 1 ★